Pondok Pesantren Modern Dar El Hijrah Bogor terletak di wilayah desa Babakan Kecamatan Ciseeng Kabupaten Bogor Jawa Barat, Resmi berdiri sebagai lembaga pesantren pada tahun 2019 M, tepatnya tanggal 17 Juni 2019.
Sejarah berdirinya Pondok Pesantren Modern Dar El Hijrah Bogor terkait erat dengan dengan pembelian tanah seluas 2000 m2 oleh pemiliknya Ustadz Hendra Hadi,S.T. seorang aktivis sosial relawan dari lembaga zakat internasional dan Abi Dwi Sulaksana,M.Pd. Ketua Yayasan Ponpes Dar El Hijrah Bogor, yang kemudian menjadikan tanah tersebut sebagai waqaf untuk kegiaan Pondok Pesantren.
Dari awal luas area wakaf 2000 m2, seiring perjalanan waktu, kini area wakaf pesantren Dar El Hijrah telah menjadi 1,2 hektar, bahkan sedang berusaha memperluas kembali hingga 10 hektar. Area Pondok Pesantren Modern Dar El Hijrah Bogor tersebar di tiga desa , diantaranya Desa Babakan, Desa Putat Nutug dan Desa Cibeuteung Muara. Pondok Pesantren Modern Dar El Hijrah Bogor selalu berusaha menambah area wakaf demi terselenggaranya pendidikan Islam dan kejayaan peradaban Islam di masa depan.
Niat pemberian tanah wakaf sebagaimana pernah disampaikan oleh Pembina BKSPPI ( Badan Kontak Silaturahim Pondok Pesantren Indonesia ) KH Dr Didin Hafidhudin, M.Si agar didirikan lembaga pendidikan Islam pondok pesantren)yang standar, baik dari segi kualitas pendidikannya, pelayanan maupun manajemen pengelolaannya. Niat ini muncul sebagai rasa keprihatinan dan keterpanggilan melihat kenyataan lulusan pesantren belum memiliki kualitas yang standar dan masih jauh dari harapan pada saat itu.
Banyak tokoh dan ulama yang terlibat baik secara langsung maupun tidak langsung, mendorong, mendoakan dan mendukung lahirnya Pondok Pesantren Modern Dar El Hijrah Bogor , diantaranya adalah KH. Nur Ali Abdul Aziz Pengasuh Ponpes Zaid Bin Tsabit Kota Bogor, KH. Dr. Achmad Ruyat Wakil Ketua DPRD Jawa Barat, KH. Ajid Muslim,Lc Pengasuh Ponpes Al Kahfi Bogor, Habib Saggaf Bin Mahdi (alm) Pengasuh Ponpes Al Asyariyah Nurul Iman Parung , dan banyak lagi tokoh alim ulama dan umaro yang berkontribusi.
Terkait dengan proses pelaksanaan belajar mengajar di pesantren maka ditunjuklah Abi Dwi Sulaksana,M.Pd sebagai pengasuh Pondok Pesantren Modern Dar El Hijrah Bogor . Sampai sekarang Sejak berdirinya, dari tahun ke tahun Pondok Pesantren Modern Dar El Hijrah Bogor telah mengalami kemajuan yang cukup signifikan baik dari segi kualitas maupun kuantitas. Hingga saat ini kegiatan pendidikan yang dikembangkan Pondok Pesantren Modern Dar El Hijrah Bogor meliputi: TPQ, Majelis taklim Bapak-Bapak dan Ibu-Ibu, Pendidikan Formal setingkat SMP dan SMA , Kegiatan Ekonomi Usaha Pesantren, Pelatihan dan Kajian Agama dan Umum lainnya.